肺纤维化区域主要有致密胶原组成伴上皮下散在的成纤维母细胞灶。蜂窝样改变区域由囊状纤维化气腔构成，这些气腔内衬细支气管上皮细胞，充满黏液和炎症细胞。纤维化和蜂窝样改变区域的间质内常有平滑肌上皮细胞化生。

病理学上需要与普通型间质性肺炎鉴别的疾病相对较少，尤其是病理改变符合UIP型表现时。主要的鉴别诊断在于与其他科引起普通型间质性肺炎样病变的疾病的鉴别，如结缔组织疾病、慢性外源性过敏性肺泡炎和尘肺。

“不可分类的纤维化”指肺活检标本镜下表现为纤维化，但不符合上述UIP型的诊断标准；若其镜下表现缺乏典型的某些疾病（如果外源性过敏性肺泡炎、结节病等）的组织病理学特征，但有典型的特发性肺纤维化（IPF）的临床表现和影像学表现时，经仔细的多学科讨论后仍有可能诊断为IPF。

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